La iglesia de los Santos Juanes está situada junto a otras dos joyas arquitectónicas en Valencia, la Lonja de la Seda y el Mercado Central.
Originalmente en este lugar había una mezquita y ya en el siglo XIII aparece la primitiva iglesia a la que se llamó de San Joan del Mercat. A principios del siglo XIV, en 1311, fue devastada por el fuego y la reconstruyeron totalmente, esta vez en estilo gótico valenciano. Sufrió dos incendios más, en 1362 y en 1592 y de nuevo fue reconstruida casi en su totalidad. Sin embargo su estructura actual se la debemos a las reformas llevadas a cabo durante el siglo XVII. Entre 1693 y 1710 las obras emprendidas le dieron su aspecto barroco definitivo.
A la fachada que da a la Lonja se le añadió una plataforma elevada. Allí se instalaron pequeñas tiendas que se llamaron ‘covachuelas o casillas de San Juan‘. En esta especie de ventanucos se acomodaban pequeños comerciantes de cosas usadas y de chatarra. Actualmente se encuentran en un estado de abandono lamentable.
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No terminan ahí los avatares de tan singular edificación, pues al principio de la guerra civil, en 1936, la iglesia de los Santos Juanes sufrió otro terrible incendio. Se perdieron prácticamente la totalidad de las obras de arte, las pinturas, muebles, retablos… Aún hoy las pinturas de la bóveda siguen ennegrecidas por aquel aparatoso fuego que duró tres días.
En la fachada principal que da a la plaza Brujas destaca la portada barroca en la que se pueden observar los dos símbolos de los patronos, los Santos Juanes. El cordero representa a San Juan Bautista y el águila que representa a San Juan Evangelista. Sobre la portada vemos un gran círculo de piedra y se echa de menos el rosetón. No se sabe con seguridad, pero seguramente pensaron que un rosetón de esas dimensiones habría sido demasiado complicado o caro de realizar.
La fachada trasera, justo frente a la Lonja, es la más llamativa porque está pensada como un inmenso retablo. En él destaca la figura central con la imagen de Virgen del Rosario realizada en 1700. A sus lados, dos puertas, una con la imagen del Juan Evangelista y la otra con la estatua de San Juan Bautista.
El interior es una fantasía barroca llena de adornos, dorados, estatuas y pinturas.